โมดูลป้องกันไวรัสของ ESET NOD32 Antivirus นั้นสามารถเรียกใช้ผ่านบรรทัดคำสั่ง – ด้วยตนเอง (โดยใช้คำสั่ง “ecls”) หรือใช้ไฟล์แบทช์ (“bat”)
คุณสามารถใช้พารามิเตอร์และสวิตช์ต่อไปนี้ขณะที่เรียกใช้เครื่องมือสแกนตามต้องการจากบรรทัดคำสั่ง:
| ตัวเลือกทั่วไป: | |
| –help | แสดงวิธีใช้และปิด | 
| –version | แสดงข้อมูลเวอร์ชันและปิด | 
| –base-dir=FOLDER | โหลดโมดูลจาก FOLDER | 
| –quar-dir=FOLDER | กักเก็บ FOLDER | 
| –aind | แสดงสัญลักษณ์ของการทำงาน | 
| –auto | สแกนฮาร์ดไดรฟ์ทั้งหมดในโหมดการกำจัด | 
| เป้าหมาย: | |
| –files | สแกนไฟล์ (เริ่มต้น) | 
| –no-files | ไม่สแกนไฟล์ | 
| –boots | สแกนบูตเซคเตอร์ (เริ่มต้น) | 
| –no-boots | ไม่สแกนบูตเซคเตอร์ | 
| –arch | สแกนอาร์ไคฟ์ (เริ่มต้น) | 
| –no-arch | ไม่สแกนอาร์ไคฟ์ | 
| –max-archive-level=LEVEL | LEVEL การซ้อนในอาร์ไคฟ์สูงสุด | 
| –scan-timeout=LIMIT | สแกนอาร์ไคฟ์เป็นเวลาสูงสุดไม่เกิน LIMIT วินาที ถ้า เวลาในการสแกนถึงขีดจำกัดนี้ การสแกน อาร์ไคฟ์จะหยุด และระบบจะสแกน ไฟล์ถัดไปต่อไป | 
| –max-arch-size=SIZE | สแกนเฉพาะ SIZE ไบต์แรกของอาร์ไคฟ์ (เริ่มต้น 0 = ไม่จำกัด) | 
| สแกนไฟล์อีเมล | |
| –no-mail | ไม่สแกนไฟล์อีเมล | 
| –sfx | สแกนอาร์ไคฟ์ที่ขยายในตัว | 
| –no-sfx | ไม่สแกนอาร์ไคฟ์ที่ขยายในตัว | 
| –rtp | สแกนรันไทม์แพ็คเกอร์ | 
| –no-rtp | ไม่สแกนรันไทม์แพ็คเกอร์ | 
| –exclude=FOLDER | ยกเว้น FOLDER จากการสแกน (ตัวอย่างของการยกเว้นหลายโฟลเดอร์: –exclude <first>,<second>,…) | 
| –subdir | สแกนโฟลเดอร์ย่อย (เริ่มต้น) | 
| –no-subdir | ไม่สแกนโฟลเดอร์ย่อย | 
| –max-subdir-level=LEVEL | LEVEL การซ้อนของโฟลเดอร์ย่อยสูงสุด (เริ่มต้น 0 =ไม่จำกัด) | 
| –symlink | ตามลิงค์สัญลักษณ์ (เริ่มต้น) | 
| –no-symlink | ข้ามลิงค์สัญลักษณ์ | 
| –ext-exclude=EXTENSIONS | ไม่รวม EXTENSIONS คั่นด้วยเครื่องหมายโคลอนในการสแกน | 
| วิธี: | |
| –adware | สแกนหาแอดแวร์/สปายแวร์/ริสก์แวร์ | 
| –no-adware | ไม่สแกนหาแอดแวร์/สปายแวร์/ริสก์แวร์ | 
| –unsafe | สแกนหาแอพพลิเคชันที่อาจไม่ปลอดภัย | 
| –no-unsafe | ไม่สแกนหาแอพพลิเคชันที่อาจไม่ปลอดภัย | 
| –unwanted | สแกนหาแอพพลิเคชันที่อาจไม่พึงประสงค์ | 
| –no-unwanted | ไม่สแกนหาแอพพลิเคชันที่อาจไม่ปลอดภัย | 
| –pattern | ใช้ฐานข้อมูล | 
| –no-pattern | ไม่ใช้ฐานข้อมูล | 
| –heur | เปิดใช้งานการวิเคราะห์พฤติกรรม | 
| –no-heur | ปิดใช้งานการวิเคราะห์พฤติกรรม | 
| –adv-heur | เปิดใช้งานการวิเคราะห์พฤติกรรมขั้นสูง | 
| –no-adv-heur | ปิดใช้งานการวิเคราะห์พฤติกรรมขั้นสูง | 
| การกำจัด: | |
| –action=ACTION | ดำเนินการ ACTION กับวัตถุที่ติดไวรัส การดำเนินการที่ใช้ได้: ไม่มี, กำจัด, ถาม | 
| –quarantine | คัดลอกไฟล์ที่ติดไวรัสไปยังส่วนกักเก็บ (เสริม ACTION) | 
| –no-quarantine | ไม่คัดลอกไฟล์ที่ติดไวรัสไปยังส่วนกักเก็บ | 
| บันทึก: | |
| –log-file=FILE | บันทึกผลลัพธ์ไปที่ FILE | 
| –log-rewrite | เขียนทับไฟล์ผลลัพธ์ (เริ่มต้น – ต่อท้าย) | 
| –log-all | บันทึกไฟล์ที่ไม่ติดไวรัส | 
| –no-log-all | ไม่บันทึกไฟล์ที่ไม่ติดไวรัส (เริ่มต้น) | 
รหัสการออกจากการทำงานที่ใช้ได้สำหรับการสแกน:
หมายเหตุ
รหัสการออกจากการทำงานที่มากกว่า 100 หมายความว่าไฟล์ไม่มีการสแกน และอาจมีการติดไวรัส
0 – ไม่พบภัยคุกคาม
 1 – พบและกำจัดภัยคุกคามแล้ว
 10 ไม่สามารถสแกนบางไฟล์ (อาจมีภัยคุกคาม)
 50 พบภัยคุกคาม
 100 – ข้อผิดพลาด