Karantinanın ana görevi etkilenen dosyaları güvenli bir şekilde saklamaktır. Dosyalar temizlenemiyorsa, silinmeleri güvenli değilse veya bu önerilmiyorsa ya da virüsten koruma programı tarafından algılanmamaları gerekiyorsa, karantinaya alınmalıdır.
Kullanıcı istediği her dosyayı karantinaya almayı seçebilir. Bir dosya şüpheli davranıyorsa ancak virüsten koruma tarayıcısı tarafından algılanmıyorsa, bu önerilebilir. Karantinaya taşınan dosyalar ESET’in virüs laboratuarlarına analiz için gönderilebilir.
Karantina klasörüne depolanmış dosyalar karantinanın tarih ve saatini, etkilenen dosyanın özgün konumunun yolunu, bayt olarak boyutunu, nedenini (kullanıcı tarafından eklenir…) ve tehdit sayısını (örneğin, birden çok sızmayı içeren bir arşiv olup olmadığını) görüntüleyen bir tabloda görülebilir.