E-posta koruması, POP3 protokolü aracılığıyla alınan e-posta iletişimini denetlemeyi sağlar. ESET NOD32 Antivirus, Microsoft Outlook için olan eklenti programını kullanarak e-posta istemcisinden yapılan tüm iletişimi denetler (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Program, gelen iletileri incelerken ThreatSense tarama altyapısı tarafından sağlanan tüm gelişmiş tarama yöntemlerini kullanır. Bu, kötü amaçlı programların virüs imza veritabanıyla eşleştirilmeden önce algılanması demektir. POP3 protokolü iletişimlerini tarama işlemi kullanılan e-posta istemcisinden bağımsızdır.