Gerçek zamanlı dosya sistemi koruması sistemdeki virüsten korumayla ilgili tüm olayları denetler. Bilgisayarda açılan, oluşturulan ve çalıştırılan tüm dosyalar, bu işlemler sırasında kötü amaçlı kod açısından taranır. Gerçek zamanlı dosya sistemi koruması sistem başlatma işlemi sırasında başlatılır.