Захист електронної пошти забезпечує керування поштовим трафіком, що отримується по протоколу POP3. За допомогою plug in-модулю для Microsoft Outlook ESET NOD32 Antivirus забезпечує контроль всіх зв’язків поштового клієнта (POP3, MAPI, IMAP, HTTP). Під час перевірки вхідних повідомлень програма використовує всі розширені способи перевірки, які надаються підсистемою ThreatSense. Це означає, що виявлення шкідливих програм відбувається раніше, ніж перевірка на наявність їхніх ознак у вірусній базі даних. Перевірка зв’язків з використанням протоколу POP3 не залежить від поштових клієнтів, що використовуються.